Rotman > Resources > Support + Services
Back to PLS Help

{SOLVED} Error when creating Session Files from Parameter Files

I'm Online
alauzon
Posted on 03/07/16 13:18:12
Number of posts: 4
-- Andrew Lauzon, Psychology/Music (maj/min) - York University 2016
alauzon posts:

Hello,

I am trying to create Datamats with batch_plsgui using Parameter Files (eg: batch_plsgui 005.txt), and am encountering the following error:

Index exceeds matrix dimensions.
 
Error in bfm_get_datamat (line 195)
   [p fn]=rri_fileparts(flist{1});
 
 
Error in batch_create_datamat>create_bfm_datamat (line 730)
      bfm_get_datamat(session_info,options.RunsIncluded, ...
 
 
Error in batch_create_datamat (line 272)
      create_bfm_datamat(session);
 
 
Error in batch_plsgui (line 43)
         batch_create_datamat(fid);
 
This is puzzling, because I have already run this succesfully on another data set which was preprocessed in the same manner. I believe the only difference is the number of runs (but this set uses fewer runs). Below is the content of a Parameter File from the unsuccessful set, and below that I have pasted the contents of a Parameter File that did work:
 
Parameter File contents (did NOT work):
 
    %%%%% GENERAL SECTION %%%%%

 

prefix              ASD_05

brain_region        0.15

win_size            8

across_run          1

single_subj         0

    %%%%% END GENERAL SECTION %%%%%

%------------------------------------------------------------------

 

    %%%%% CONDITION SECTION %%%%%

 

cond_name               Abstract

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Animals

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Body

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Faces

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Motion_Human

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Motion_Dots

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Motion_Tools

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Motor

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               NMO

 

ref_scan_onset          -1

 

num_ref_scan            1

 

cond_name               Scene

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Scrambled

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Static_Dots

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Tools

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Words

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

    %%%%% END CONDITION SECTION %%%%%

%------------------------------------------------------------------

 

    %%%%% RUN SECTION %%%%%

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/4Runs/ASD/asd05.LOC01.clean_ts.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        370

block_onsets        190

block_onsets        130

block_onsets        310

block_onsets        41

block_onsets        280

block_onsets        160

block_onsets        340

block_onsets        70

block_onsets        250

block_onsets        10

block_onsets        220

block_onsets        400

block_onsets        100

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/4Runs/ASD/asd05.LOC02.clean_ts.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        190

block_onsets        400

block_onsets        70

block_onsets        280

block_onsets        220

block_onsets        40

block_onsets        310

block_onsets        250

block_onsets        100

block_onsets        130

block_onsets        160

block_onsets        370

block_onsets        340

block_onsets        10

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/4Runs/ASD/asd05.LOC03.clean_ts.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        160

block_onsets        220

block_onsets        400

block_onsets        280

block_onsets        370

block_onsets        10

block_onsets        40

block_onsets        250

block_onsets        70

block_onsets        100

block_onsets        130

block_onsets        190

block_onsets        340

block_onsets        310

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/4Runs/ASD/asd05.LOC04.clean_ts.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        10

block_onsets        70

block_onsets        340

block_onsets        100

block_onsets        280

block_onsets        400

block_onsets        190

block_onsets        370

block_onsets        130

block_onsets        220

block_onsets        250

block_onsets        160

block_onsets        310

block_onsets        40

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

    %%%%% END RUN SECTION %%%%%

%------------------------------------------------------------------

Parameter File contents (DID work):

   %%%%% GENERAL SECTION %%%%%

 

prefix              COP_A_04

brain_region        0.15

win_size            8

across_run          1

single_subj         0

    %%%%% END GENERAL SECTION %%%%%

%------------------------------------------------------------------

 

    %%%%% CONDITION SECTION %%%%%

 

cond_name               Abstract

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Animals

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Body

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Faces

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Motion_Human

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Motion_Dots

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Motion_Tools

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Motor

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               NMO

 

ref_scan_onset          -1

 

num_ref_scan            1

 

cond_name               Scene

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Scrambled

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Static_Dots

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Tools

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

cond_name               Words

ref_scan_onset          -1

num_ref_scan            1

 

    %%%%% END CONDITION SECTION %%%%%

%------------------------------------------------------------------

 

    %%%%% RUN SECTION %%%%%

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC01.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        140

block_onsets        200

block_onsets        110

block_onsets        95

block_onsets        50

block_onsets        185

block_onsets        80

block_onsets        35

block_onsets        65

block_onsets        20

block_onsets        170

block_onsets        155

block_onsets        125

block_onsets        5

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC02.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        155

block_onsets        20

block_onsets        5

block_onsets        35

block_onsets        65

block_onsets        170

block_onsets        80

block_onsets        110

block_onsets        50

block_onsets        140

block_onsets        200

block_onsets        125

block_onsets        95

block_onsets        187

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC03.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        95

block_onsets        170

block_onsets        185

block_onsets        155

block_onsets        35

block_onsets        65

block_onsets        5

block_onsets        20

block_onsets        110

block_onsets        81

block_onsets        125

block_onsets        50

block_onsets        200

block_onsets        140

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC04.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        125

block_onsets        35

block_onsets        5

block_onsets        170

block_onsets        20

block_onsets        185

block_onsets        65

block_onsets        95

block_onsets        200

block_onsets        155

block_onsets        110

block_onsets        80

block_onsets        50

block_onsets        140

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC05.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        200

block_onsets        140

block_onsets        5

block_onsets        170

block_onsets        125

block_onsets        35

block_onsets        110

block_onsets        80

block_onsets        50

block_onsets        20

block_onsets        155

block_onsets        95

block_onsets        185

block_onsets        65

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC06.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        50

block_onsets        95

block_onsets        200

block_onsets        20

block_onsets        155

block_onsets        80

block_onsets        185

block_onsets        35

block_onsets        65

block_onsets        110

block_onsets        140

block_onsets        5

block_onsets        125

block_onsets        170

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC07.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        20

block_onsets        80

block_onsets        50

block_onsets        110

block_onsets        140

block_onsets        35

block_onsets        65

block_onsets        155

block_onsets        5

block_onsets        200

block_onsets        125

block_onsets        185

block_onsets        95

block_onsets        170

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC08.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        155

block_onsets        65

block_onsets        35

block_onsets        185

block_onsets        200

block_onsets        125

block_onsets        80

block_onsets        20

block_onsets        140

block_onsets        110

block_onsets        95

block_onsets        5

block_onsets        50

block_onsets        170

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC09.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        155

block_onsets        200

block_onsets        35

block_onsets        20

block_onsets        140

block_onsets        185

block_onsets        110

block_onsets        95

block_onsets        65

block_onsets        125

block_onsets        170

block_onsets        5

block_onsets        80

block_onsets        50

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

data_files          /Volumes/mypassport/canlabdata/COP/004/RUNS/s04.LOC10.clean_ts.blur6.scaled_MNI_masked.nii

block_onsets        155

block_onsets        140

block_onsets        50

block_onsets        185

block_onsets        170

block_onsets        5

block_onsets        20

block_onsets        110

block_onsets        80

block_onsets        65

block_onsets        95

block_onsets        200

block_onsets        125

block_onsets        35

 

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

block_length        10

 

    %%%%% END RUN SECTION %%%%%

%------------------------------------------------------------------

 

 

 
 

Replies:

Untitled Post

I'm Online
alauzon
Posted on 03/07/16 15:40:59
Number of posts: 4
-- Andrew Lauzon, Psychology/Music (maj/min) - York University 2016
alauzon replies:

I solved it - the problem went back to a mistake in the script I used to create the Parameter Files, which wrote an invalid file path.




Login to reply to this topic.

  • Keep in touch

Enter your email above to receive electronic messages from Baycrest, including invitations to programs and events, newsletters, updates and other communications.
You can unsubscribe at any time.
Please refer to our Privacy Policy or contact us for more details.

  • Follow us on social
  • Facebook
  • Instagram
  • Linkedin
  • Pinterest
  • Twitter
  • YouTube

Contact Us:

3560 Bathurst Street
Toronto, Ontario
Canada M6A 2E1
Phone: (416) 785-2500

Baycrest is an academic health sciences centre fully affiliated with the University of Toronto

Privacy Statement - Disclaimer - © 1989-2024 BAYCREST HEALTH SCIENCE. ALL RIGHTS RESERVED